土地を売却したら税金はいつ払う？納税のタイミングや税額について解説

土地の売却では収入額が大きくなり、多額の税金が発生する場合があります。土地の売却で多額の納税が発生する場合、資金繰りには注意が必要です。いつ、いくらぐらいの納税額が発生するのかを予め推計し、売却収入の中から納税資金をプールしておくことも検討してみましょう。

この記事では、土地の売却にかかる様々な種類の税金について網羅的に説明し、納税のタイミングと税額の計算方法について解説します。

※記事内の税金・税率などは2021年11月時点の情報となります。最新の情報については、国税庁などのサイトをご確認のうえ、税理士などの専門家へのご相談もご検討ください。

目次

1. 土地を売却したときにかかる税金と納税のタイミング
   1-1．印紙税
   1-2．登録免許税
   1-3．譲渡所得税・住民税
2. 譲渡所得税の計算方法
   2-1．取得費の計算方法
   2-2．取得費が不明な場合
   2-3．売却費用の計算方法
3. 土地売却に関する譲渡所得税の特別控除と特例
   3-1．マイホームの特別控除と買い換え特例
   3-2．損をしたときの損益通算と繰越控除の特例
4. まとめ

1．土地を売却したときにかかる税金と納税のタイミング

土地を売却したときにかかる税金には、印紙税、登録免許税、譲渡所得税、住民税の4種類があります。

納税のタイミングは、売買契約時に、売買代金に応じた印紙税を納付することになります。この時、登記手続きが必要になれば、登録免許税の納付も必要です。

売却について利益が出た場合、翌年以降、譲渡所得税と住民税を納付することになります。

1-1．印紙税

土地を売却し、売買契約書を作成する際には、契約書に収入印紙を貼付して印紙税を納めることになります。不動産の売買価格によって印紙税の金額は下表のようになっています。

なお、令和4年3月31日までに作成される「不動産譲渡契約書」の印紙税は、軽減措置により原則の半額となります。

※引用・国税庁「不動産の譲渡、建設工事の請負に関する契約書に係る印紙税の軽減措置」

1-2．登録免許税

売却予定の土地にローンが残っていて、設定されている抵当権を抹消しなければならないなどの登記が必要な場合は、規定の登録免許税がかかります。

• 抵当権抹消登記：不動産1個につき1,000円
• 住所変更登記：不動産1個につき1,000円
• 相続による所有権移転登記：不動産の固定資産税評価額×0.4%
• 贈与による所有権移転登記：不動産の固定資産税評価額×2%
• 分筆登記：不動産1個につき1,000円

1-3．譲渡所得税・住民税

土地の売却をして利益が出た場合、売却した年の2月16日から3月15日までに確定申告をおこない、その利益（譲渡所得）につき譲渡所得税を納付することになります。

不動産の譲渡所得税は分離課税という方式を採用しており、総合課税の所得（給与所得、事業所得、不動産所得など）とは、分離して所得や税額を計算するという特徴があります。

住民税は、譲渡所得税の確定申告の計算に基づいて、各市区町村が翌年6月頃に決定し、賦課してきます。住民税の納付時期は、自分で納める普通徴収と、会社の給与から天引きして納めてもらう特別徴収とで異なります。

普通徴収の場合、通常は、6月末、8月末、10月末、1月末の4回に分けて納付します。

一方、特別徴収の場合、6月から5月までの給与から天引するように分割した金額を、会社がそれぞれの月の翌月10日までに納付します。譲渡所得税・住民税の税率は、売却した不動産の保有期間に応じて下表のようになっています。

• 長期譲渡所得：所得税15％・住民税5％
• 短期譲渡所得：所得税30％・住民税9％

建物の所有期間が5年以下の場合には短期譲渡所得、5年超の場合には長期譲渡所得が適用されます。2037年までは上記所得税に復興特別所得税が加算されるため、短期譲渡所得は所得税と住民税を足して39.63％、長期譲渡所得は20.315％の税金が課されます。

2．譲渡所得税の計算方法

譲渡所得税のかかる土地売却の利益（譲渡所得）を計算する式は、次のようになります。

譲渡所得＝譲渡価格－（取得費＋売却費用）－特別控除

譲渡価格は売却した価格です。取得費は土地を入手するのにかかった費用、売却費用は売却するときにかかった費用と考えることができますが、それぞれ、含めることができる費用はある程度決められています。

以下では、取得費と売却費用の計算方法について解説します。

2-1．取得費の計算方法

譲渡所得における取得費は、次のように計算します。

取得価格＋取得の際要した費用

取得の際要した費用は、主に次のような費用に限定されます。

• 仲介手数料・登記費用
• 登録免許税・不動産取得税・印紙税
• 立退料
• 土地の造成費用
• 測量費用
• 所有権確保のための訴訟費用
• 建物付き土地の建物取り壊し費用
• 土地・建物利用開始前の借入利子
• 購入契約時の違約金

2-2．取得費が不明な場合

購入時の売買契約書を紛失してしまったり、相続によって取得した先祖伝来の土地であったりして、購入時の取得費が不明な場合もあります。この場合、売却価格の5％を取得費とできる概算取得費の制度があります。

しかし、概算取得費の制度をそのまま適用すると譲渡所得がかなり大きくなってしまい、実態にそぐわないということも考えられます。このようなケースでは、合理的な計算方法によって推計された取得費であれば、認められる可能性もあります。

国税不服審判所の判断では、土地取得価格について市街地価格指数を認めたケースもあります。ただし、これは一事例であり税務慣行とまでは言えません。取得費が不明な場合は、税理士に相談するなどして慎重に計算するようにしましょう。

例えば、全国5,900名の税理士の中から無料で希望に沿った税理士を紹介してもらえるウェブサービスとして、「税理士ドットコム」があります。複数の税理士を比較することができるうえ、「費用はいくら？」「どんな税理士を選ぶべき？」といった税理士を選ぶ際の相談も可能となっています。

【関連記事】税理士ドットコムの口コミ・評判は？メリット・デメリットや利用手順も

2-3．売却費用の計算方法

売却する時に要した費用として、譲渡所得の計算に含めることができるのは、税務慣行上、次のようなものに限定されているといえます。

• 仲介手数料
• 立退料
• 土地の上にある建物の取り壊し費用
• 売却に伴って生じた違約金

土地の売却のために直接要した費用であり、維持または管理のための費用は含まれないので注意が必要です。

3．土地売却に関する譲渡所得税の特別控除と特例

マイホームの敷地を売却した場合、譲渡所得の計算において特別控除の適用を受けることで、譲渡所得税を軽減できる場合があります。

その他、土地の買い換えをおこなった際の特例と売却して損をしたときの損益通算・繰越控除の特例があります。

3-1．マイホームの特別控除と買い換え特例

マイホームの特別控除は、マイホームを、住まなくなってから3年以内に売却したときに、譲渡所得から3,000万円までの控除を認める特例です。（※参照：国税庁「マイホームを売ったときの特例」）

マイホームの敷地の売却も対象になります。売却した年の前々年から、その年まで、マイホームの特別控除等の適用を受けていないことが条件となり、実質、3年に1度しか利用できません。

マイホームの所有期間が10年を超えている場合、譲渡所得のうち6,000万円までは所得税率10.21％・住民税率4％に軽減され、6,000万円をこえた部分については、長期譲渡所得の通常税率（所得税15％・住民税5％）が適用されます。（※参照：国税庁「マイホームを売ったときの軽減税率の特例」）

なお、この特例はマイホームの3,000万円特別控除と併用することが可能ですが、3年以内に新たにマイホームをローンによって取得するときは、住宅ローン控除の適用が受けられないので注意しましょう。

マイホーム、事業用資産の買い換え特例

一定のマイホームの敷地を売却して、その売却価格よりも高い価格のマイホームに買い換えた場合、譲渡所得課税を繰り延べることができる特例があります。（※参照：国税庁「売った金額より少ない金額でマイホームを買い換えたとき」）

また、元のマイホームの売却額よりも新しいマイホームの取得額の方が安い場合、その差額のうち次の算式によって計算した部分が、譲渡所得として課税されます。

（旧マイホーム売却額[イ]－新マイホーム取得額[ロ]）－（旧マイホーム取得費＋譲渡費用）×[イ]－[ロ]／[イ]

また、一定の事業用資産を売却して買い換えた場合には、売却利益の80％は譲渡所得課税を繰り延べることができます。賃貸用の土地建物もこの特例の対象となります。

3-2．損をしたときの損益通算と繰越控除の特例

原則として、土地の売却にかかる損失は、給与所得や事業所得、不動産所得などの総合課税の所得とは損益通算はできません。しかし、一定のマイホーム売却によって生じた損失については、損益通算と繰越控除が認められる特例があります。

一定のマイホームを売却して、新たなマイホームに買い換えた場合で、元のマイホームの売却によって損失が生じたときは、その譲渡損失を給与所得や事業所得などと損益通算することが可能です。また、その年に控除しきれなかった部分の損失は、売却後3年間繰越控除ができます。（※参照：国税庁「マイホームを買い換えた場合の譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例」）

その他、住宅ローンのあるマイホームを住宅ローンを下回る価格で売却して損失が生じたとき、一定条件をみたす場合は、その譲渡損失を給与所得や事業所得などと損益通算できます。その年に控除しきれなかった部分の損失は、売却後3年間繰越控除ができます。

まとめ

土地を売却したときにかかる税金は、主に譲渡所得税と住民税です。譲渡所得税は売却した年の翌年3月15日までの納付が原則です。住民税は、翌年6月以降、普通徴収では4回の分割納付、特別徴収では12回の分割納付となります。

譲渡所得は、売却価格から取得費と譲渡費用を引いて計算し、プラスになればそれに対して税率を乗じて課税されます。取得費の計算では、購入時の取得価格が不明であると多額の納税になるおそれがあります。

譲渡所得から差し引くことのできる特別控除も、該当する場合には利用を検討しましょう。損失が生じた場合にも、損益通算や繰越控除により税金を減額できる特例があるので確定申告をしておくようにしましょう。譲渡所得税は、自分で計算して税務署に申告する必要があります。

譲渡所得税の計算において判断に迷うときや、自分で申告することが難しい場合は、税理士などの専門家に相談することを検討しましょう。

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佐藤 永一郎

筑波大学大学院修了。会計事務所、法律事務所に勤務しながら築古戸建ての不動産投資を行う。現在は、不動産投資の傍ら、不動産投資や税・法律系のライターとして活動しています。経験をベースに、分かりやすくて役に立つ記事の執筆を心がけています。

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